Vào khoảng giữa năm 2003, Rossi đã dự tính kế hoạch rời khỏi đội Honda, nhiều người đã hoài nghi về tương lai của đội Honda nếu thiếu Rossi.

Đến khoảng cuối năm 2005, Rossi quyết định rời khỏi Honda và người bạn đồng hành RC211V để tìm kiếm một cơ hội mới. Khi biết tin Rossi nghỉ việc ở Honda, hàng loạt đội đua tên tuổi đã mời gọi anh, trong đó có cả Ducati, Fiat Yamaha và Aprilla.

Năm 2006, một lần nữa Ducati mời gọi anh đến, nhưng anh đã từ chối và nói rằng "Ducati quá nhỏ để anh hợp tác, và anh muốn hợp tác với 1 hãng xe Nhật nữa xem sao". Và anh đã chọn đội Fiat Yamaha.

Rossi đã ký kết hợp đồng 2 năm với Yamaha - đối thủ của Honda, bản hợp đồng đó có giá trị lên tới 12 triệu USD.